Par les lois du 19 mars 1793 et du 24 messidor an II, l'ensemble des biens de l'ancien hôtel-Dieu, devenu hôpital-hospice, est remis à l'État, seul chargé de la distribution des secours. L'activité de l'établissement est désormais sous le contrôle de la municipalité de Saint-Fargeau qui doit fournir l'entretien nécessaire aux 14 malades hospitalisés jusqu'à l'an V.

Une autonomie relative est accordée à l'hôpital à partir du 8 prairial an V par la création de la commission administrative chargée de la gestion de ses biens et revenus.

À l'exception des biens des anciennes maladreries de Saint-Fargeau et de Mézilles qui ont été séquestrés au profit de l'État lors de la période révolutionnaire et dont la valeur perdue est compensée par l'octroi de rentes sur la Nation, le domaine de l'hôpital n'a pas connu de démembrement important à la fin du XVIIIe s. Les principaux domaines, Moulin-Ragon et Plein-Marchais, produisent la majorité de ses revenus. Régulièrement au cours du XIXe s., les propriétés foncières bâties et non bâties sont augmentées par le biais de donations : les biens situés à Saint-Fargeau et dans sa proche région, mais également en banlieue parisienne (Sèvres, Ville-d'Avray, et Saint-Maur-des-Fossés) sont léguées à l'hôpital.

Les revenus que ces biens produisent sont utilisés par l'administration pour permettre l'amélioration des conditions de vie et d'hygiène au sein des bâtiments hospitaliers : des bains et douches sont aménagés dès 1914 et les espaces de soins sont réaménagés et agrandis de manière significative à partir de 1933.